《小儿药证直诀》三卷，上卷“脉证治法”，主论小儿常见病证81条，对小儿的生理病理特点进行了阐述，为后世儿科学的辨证论治及脏腑辨证理论奠立了基础；中卷“记尝所治病二十三证”，乃治病验例；下卷列治小儿病证诸方120余首，其中多有化裁古方所刨制的新方，如六味地黄丸、异功散、豆蔻香连丸、小香连丸等，都是流传至今、切实有效之方。《小儿药证直诀》后又附有“阎氏小儿方论”及“董汲小儿方论”。