大约在二十七亿年前，地球上还没有其他生命体，微生物家族主宰着地球，有一种叫作古菌的微生物与我们所熟知的细菌共生在地球上。
甲甲、热热、盐盐三只古菌从研究室逃了出来，跟随中国科学家陈博士离开了实验基地。它们来到了陈博士的家，为了治好陈博士女儿的病，三只古菌进入了她的身体，在她的身体中，三只古菌遭遇了击溃人体防线的敌人，面对微生物强敌，它们该如何取胜？

离开细菌研究站
公路旅程
细菌根据地
硕大的庄园
亲密的伙伴
发酵的秘密
寒冷中的顽强
不明原因的咳嗽
皮肤上的守护者
细菌的克星
二次阻击战
中耳的保卫战
受伤的鼻腔卫士
鼻咽里的潜入者
被吃掉的牙齿
肿大的牙龈
抗菌堡垒的沦陷
喉咙里的潜入者
中枢神经的守卫
输送气体的管道
分支的支气管
可以呼吸的树
气体交换之地
齐心协力的家族
肺港之战
被“吃掉”的心脏
生产基地
应急的小血库
恶劣的生存环境
入侵的帮凶
胃部通缉犯
神奇的防弹衣
肠道迷宫
消灭不速之客
肠道争夺战
大肠的主人翁
最后的残余
希望的出口
康复的欣慰
新的征程